清末民初，港南属常熟县沙洲市，港北属通州府刘海沙乡。
1929年，实行区、乡制，港南属常熟县第四区（南沙区），港北属南通县刘海沙区。
1934年，港南属常熟县第七区（西港区），港北属南通县第五区。
1946年，港南属常熟县沙洲区福鸿、北固、永安、福盈、天屏、庆凝6乡。
1947年，南通县合并部分乡镇，境内港北属三兴、恤北、恤菁、南菁、裕兴5乡。
1948年，福盈乡和天屏乡合并为福屏乡。
1950年2月，港北划归常熟县，属沙洲区。
1957年9月，全境合并为锦丰、合兴、三兴3个乡。
1958年9月，分别成立锦丰、合兴、三兴3个人民公社；10月，锦丰、合兴、三兴人民公社与东莱、南丰、乐余、兆丰人民公社合并为沙洲人民公社。
1959年1月，析沙洲人民公社置东沙洲、西沙洲2个人民公社，三兴属东沙洲人民公社，锦丰、合兴属西沙洲人民公社。
同年4月，撤销东、西沙洲人民公社，复置锦丰、合兴、三兴人民公社。
1962年1月，置沙洲县，锦丰随属。
1983年5月，撤社建乡，成立锦丰乡、三兴乡、合兴乡。
1986年11月、1992年1月、1993年12月，锦丰乡、合兴乡、三兴乡相继改镇。
2003年3月，三兴镇和东莱镇撤销，三兴镇和东莱镇的定丰、合丰、交通村并入锦丰镇。
同年8月，合兴镇撤销，并入锦丰镇。