清末民初，港南属常熟县沙洲市，港北属南通县刘海沙乡。
1929年，港南属常熟县第四区（南沙区），港北属南通县刘海沙区。
1934年，港南属常熟县第七区（西港区），港北属南通县第五区。
1946年，港南分属常熟县沙洲区乐余乡、海桑乡、永安乡。
1947年，港北分属南通县第五区裕兴乡、南生乡。
1950年2月，港北划归常熟县，境域分属常阴区乐余、东兴、团结、双桥、胜利、长沙6乡，南丰区分属扶海、扶桑、永安、生建、兆丰5乡。
1952年11月，乐余乡改镇，为常阴区直属镇。
1954年8月，恢复乐余乡。
1956年1月，常阴区、南丰区并入沙洲区。
1957年9月，合并为乐余、兆丰2个乡。
1958年9月，分设乐余、兆丰人民公社。
10月，乐余、兆丰人民公社与东莱、南丰、锦丰、合兴、三兴人民公社合并为沙洲人民公社。
1959年1月，析沙洲人民公社置东沙洲、西沙洲人民公社，境域属东沙洲人民公社。
同年4月，撤销东沙洲人民公社，恢复乐余、兆丰人民公社。
1962年1月，置沙洲县，乐余随属。
1982年10月，兆丰人民公社划出6个大队、1个种子场、1个渔业队，成立东沙人民公社。
1983年5月，撤社建乡，成立乐余、兆丰、东沙乡。
乐余乡、兆丰乡、东沙乡先后于1986年11月、1992年12月、1993年12月改镇。
2000年7月，东沙镇撤销，并入兆丰镇。
2003年8月，兆丰镇撤销，并入乐余镇。