邳州古称“少昊遗墟”，夏代邳为薛都。
商代为邳国。
春秋时期鲁定公元年（前509），邳国南迁于此，故称下邳。
秦代设下邳县。
新莽时改名闰俭。
东汉永平十五年（72），改为下邳国。
南朝宋齐时期，为下邳郡。
北魏孝昌年间，置东徐州。
后周称邳州。
隋开皇初，下邳郡废，县属邳州。
隋大业初，又改邳州为下邳郡，县仍属之。
唐武德四年（621），复置邳州。
贞观元年（627），邳州废，改下邳县。
北宋太平兴国七年（982），置淮阳军于此，属京东东路。
金贞祐三年（1215），改淮阳军为邳州。
元代亦称邳州、下邳县。
1912年，废州置邳县，属江苏省。
1938年初，邳县以陇海铁路为界，分南北两部分，邳北称邳县；邳南建邳南行署、邳南县、邳睢县。
1940年3月，陇海铁路以北仍置邳县。
以南地区，迭置邳南行署及邳南、邳睢二县。
1953年5月，邳睢县撤销，邳南地区划回，恢复邳县建制，改属江苏省徐州专区。
1992年7月，经国务院批准撤销邳县，设立邳州市。