巴山镇现址为县署所在地始于唐代广德二年（764），当时以崇仁河为界，桥南为民城（又分为东耆、西耆），桥北为官城（又名北耆），县署设在官城；明代中叶筑南、北两城城垣；清代设里制，分东耆、西耆、北耆三里；民国前期沿袭清制，1931年推保甲制，设区署，巴山镇为第一区；1940年撤区设镇，分为桥北、桥南两镇，1944年两镇合并为巴山镇；1949年前属县一区，仍分官城、民城；1949年7月改名城关镇，1952年改城关镇为城关区；1953年复为巴山镇；1958年10月成立城关人民公社，辖中大、文溪、西路、桥北四个居民管理区，宝水、巴山、石庄、乐丰、桥北、永胜、和平、罗枧、宝塔、文溪、小港11个大队；1961年改称巴山镇人民公社，1966年8月更名为红旗镇人民公社，1980年12月复名巴山镇人民公社；1984年6月撤社建乡，仍设巴山镇；2001年10月，撤原沙堤乡、郊西乡并入巴山镇；2010年7月，原永胜机械厂、江西第一木材厂社区并入巴山镇，得名后沿用至今。