洪门镇的前身为硝石古镇，是西汉高祖五年（前202）南城始设县所在地，历史上曾是“八方重镇，入闽咽喉”之地及南城县政治文化活动中心，县治在此482年。
1949年前夕属六区，1949年10月后仍属六区，1958年称洪门公社，1968年并入龙湖公社称红湖公社，1972年划出仍称洪门公社。
1984年5月12日改公社建制为乡建制，划出包坊、李敖、上乌石三个大队与上唐公社划出的棠下、姑余、坊头三个大队成立包坊乡，仍称洪门乡。
1985年3月15日，经江西省人民政府批准，撤乡设镇，称洪门镇。
2001年，撤销包坊乡，将包坊、李敖、上乌石三个村划入洪门镇。
同年11月，又将包坊、李敖、上乌石三个村划归上唐镇，沿用至今。