湖坊镇在中华人民共和国成立初为南昌市第六区的6个乡(桃竹、永人、肖坊、进顺、进外、顺外),1956年合并为湖坊乡。
1958年改为湖坊、顺化门两个人民公社,同年下半年合并称顺化门人民公社,1961年又分开恢复为两个人民公社,1964年两次合并称湖坊人民公社,1966年湖坊改为东方红人民公社,青云谱改为井冈山人民公社,城南改为红旗人民公社,1968年湖坊、青云谱、城南公社合并复称湖坊人民公社,后划归南昌县并入罗家人民公社。
1970年划归南昌市,1972年划回郊区,1984年改为湖坊乡,2000年5月撤乡建镇至今。