1949年前为南港乡。
1949年为磻村区梅沙、上梅、上简、干田、马湖、北港乡。
1956年为翰堂区的北港、干田乡。
1956年由42个初级社转为21个高级社。
1957年撤区并乡为南港乡。
1958年冬转为南港人民公社。
次年与翰堂公社合并为磻村公社（驻磻村）。
1962年恢复南港公社。
1984年改为南港乡。
1998年改为南港镇。
2003年税费配套改革，撤销石头坑村、里田村、萤火村、茶蔸村、东胡村、瑶下村、白水坑村，成建制划入相邻村，庙前、大窝里村划归南港镇。
2004年春，大庙乡，蒙山林场划归合并南港镇。
2005年，蒙山林场的长坑、鸟坑2个分场改设村委会（后因重名，改为场坑、鸟坑）。