建县前属安远县的滋溪堡、腰古堡，建县后至清代，系腰古堡、滋溪堡的辖地，有部分属项山堡。
1912年初，为兼三区，辖今吉潭、项山、剑溪3个乡。
1930年，成立吉潭区苏维埃政府。
1935年，复称兼三区，1937年，设吉潭乡。
1950年，成立吉潭区人民政府。
1951年1月称第五区。
1953年1月改称吉潭区公所。
1958年8月，设立跃进人民公社。
同年12月改称吉潭人民公社。
1961年，吉潭分为吉潭、团坜、项山、聪坪、剑溪5个公社。
1964年，项山、聪坪2个公社合并称项山公社。
1968年，项山公社并入吉潭公社。
1972年，剑溪、项山分出，另立公社。
1984年，撤销人民公社，设立吉潭乡。
1988年改为吉潭镇，行政区域不变。
2000年1月，撤销剑溪乡，建制并入吉潭镇。