菖蒲乡原系篁乡堡辖地；民国十九年（1930年），属篁乡区；民国二十年（1931年），属光留篁区五溪蒲乡苏维埃政府；民国二十年（1931年）5月，恢复篁乡区；民国二十三年（1934年），属第三区第一联保；民国二十八年（1939年），改称菖蒲乡。
中华人民共和国成立初期，境域属神光区；1958年，属神光公社，同时，该乡原辖地余田一带划入留车公社；1961年，从神光公社分出，成立菖蒲公社和黄同公社；1965年，黄同公社并入菖蒲公社；1968年，菖蒲公社又并入神光公社；1972年，从神光公社划出，成立菖蒲公社；1984年，撤社建乡，成立菖蒲乡。