西周以前属扬州域；春秋为百越之地；战国先属越、后属楚；秦属九江郡。
汉高祖六年（前201），立城设赣县，为赣州有建置之始。
此后，历为赣县县治。
南朝陈永定元年（557），赣县与南康县互易县名，属南康县。
隋大业初（约605），南康县与赣县互易县名，仍属赣县，相沿至民国时期。
1949年8月15日，从赣县析出设置赣州市，属赣州分区。
同年11月27日，撤销赣州分区，直属赣西南行政区。
1951年6月17日，撤销赣西南行政区，设赣州专区，属赣州专区。
1954年5月25日，撤销赣州专区，设赣南行政区，属赣南行政区。
1964年5月15日，撤销赣南行政区，设赣州专区，仍属赣州专区。
1971年1月，改成赣州地区，属赣州地区。
历为赣州地区（专区）行政公署驻地。
1998年12月24日，经国务院批准，撤销县级赣州市，设立赣州市章贡区（国函[1998]114号），得名后沿用至今。