1949年前为赣县赣州镇25、26保及白云乡部分辖域；1949年11月1日分属第五区第1、2村政委员会及赣县白云乡；1950年5月23日属赣州市白云乡，1952年4月属市郊区南外乡、西外乡；1953年8月1日属第三区南外乡、西外乡；1956年6月15日属白云乡，1958年10月7日属章贡乡，1959年10月22日属南外街道办事处；1964年8月属白云公社，1972年年11月11日属水南公社；1984年4月29日改名为水南乡红旗村。
1998年8月5日，将南外街道办事处分设为东外、南外街道办事处，红旗村委会划分到南外成立至今。