1949年前，为赣县水东乡及七鲤乡一部分。
1950年5月划属赣州市，设置水东乡、七鲤乡，属郊区。
1951年10月属第六区，12月属郊区。
1952年4月撤销区建置后，分设水东、虎岗、沿垇、七鲤四乡。
1953年8月属第三区。
1956年1月改为水东办事处，仍辖水东、虎岗、沿垇、七鲤四乡；同年6月，撤办事处，隶属农林水利局。
1957年5月四乡并为水东、七鲤两乡，属郊区。
1958年10月属章贡乡，同年11月成立跃进公社，与章贡乡政社合一。
1959年10月改名水东公社（又名水东乡，1966年撤销乡名称）。
1968年11月与水西、白云、南桥公社合并，名郊区公社。
1972年11月撤郊区公社，恢复水东公社。
1984年4月改为水东乡。
1993年11月27日，改水东乡为水东镇，得名后沿用至今。