1949年前属赣县赣州镇、白云乡、黄金乡部分辖地。
1950年分属赣州市白云乡和赣县长塘乡、腊长乡。
1952年分属赣州市西外乡、南外乡、白云乡及赣县长塘乡、腊长乡。
1956年6月属赣州市白云乡和赣县黄金乡。
1958年分属赣州市跃进公社（章贡乡）和赣县红旗公社。
1959年属赣州市南外公社（又名南外街道办事处）和黄金公社（又名黄金乡）。
1963年属市南外街道办事处及南桥公社。
1964年8月属白云、南桥公社。
1968年属郊区公社。
1972年11月撤消郊区公社，原白云公社所辖大队并入南桥公社，随即改称水南公社。
1984年4月改名水南乡。
1998年8月5日，撤消水南乡，设立水南镇（赣民字﹝1998﹞126号批复）。
2020年5月7日，撤销水南镇（赣民函〔2020〕16号批复）分设水南街道，得名后沿用至今。