船营区是吉林市古城旧址。
顺治十五年（1658），清政府在现在船营区临江门一带造船，将此地称为“船厂”。
康熙十二年（1673），清政府宁古塔副都统安珠瑚率八旗军3000人移至临江门一带安营，筹备建城之事，由此得“船营”之名。
同年，始修吉林乌拉城池。
清雍正四年（1726）置永吉州，州治吉林城，设知州一员，永吉州所置泰宁、长宁两县，隶属于奉天府尹，为五区之一。
1936年，实行町会制度，沿用“船营”命区名，下置迎恩、北山、马神庙、柴草市、西仓、西石砬子、转心湖7个町会。
1948年3月9日吉林市解放后，吉林市设10个区，船营区为内五区（通天、德胜、船营、朝阳、昌邑）之一。
1953年5月1日与德胜区合并改称第三区。
1956年2月，中共吉林市委发出《将以数字为名的区改为按地区称呼的通知》，第三区改称船营区，沿用至今。