黄旗街道办事处原名黄旗屯街道办事处。
在前中华民国、日伪政府和国民党统治时期，属永吉县第二区。
1942年后隶属吉林市白山区至诚町会。
1945年隶属吉林市白山分区黄旗屯系，为至诚联保。
1948年3月9日吉林市解放后该地叫西团子村。
1950年改叫西团子山子村与西南窑村合并改为黄旗屯街道，并设立办事处。
1956年农业合作化时，由菜民和农民组织起来，改为高级社。
在1958年大办人民公社时，临江门以西地区成立东风人民公社，黄旗屯街道归新成立的东风管理区。
1958年末，由于体制改革，东风管理区解散，成立吉兴管理区。
1959年划归白山公社管理。
1963年归吉林市船营区改名为黄旗屯街道办事处。
1966年又改名为长春路街道办事处。
1979年4月1日由长春路街道办事处分出后，又叫黄旗屯街道办事处。
2005年经船营区政府批准改称黄旗街道办事处，沿用至今。