南京街道建制历史悠久。
清光绪三十四年（1908），为省城第三警察区所辖。
1929年成立吉林市政筹备处，原警察区改为行政区，为吉林市第三区所辖。
1936年属朝阳区事务所管辖，沿用保甲制。
1938年8月，废保甲，设朝阳、阳明两个町会。
1941年8月，改町会为朝阳、阳明两个区。
1946年，国民党政府占领吉林市期间，设朝阳联保、东莱联保。
隶属朝阳区公所。
1948年吉林市解放后，置朝阳和东莱两个闾，下为邻，隶属于朝阳区人民政府。
8月13日改成朝阳街政府和东莱街政府。
1949年8月16日，撤销街政府，街政工作归属南马路公安派出所。
1950年11月，恢复街政权，置南马路、朝阳两个街公所，划归第三区（通天区，1953年4月25日改为二区）所辖。
1954年1月12日，南马路、朝阳两街道划归昌邑区。
并分别易制为街道居民委员会。
1955年4月19日，南马路、朝阳两个街道居民委员会分别易称街道办事处。
1958年12月19日，通天区撤销，南马路、朝阳两个街道办事处分别易制为管理区，隶属于昌邑人民公社。
1960年8月1日，南京路、朝阳两个管理区合并为南马路分社。
1962年3月28日，南马路分社易制为南京路街道办事处。
1964年1月11日，随着吉林市区划再次调整，原昌邑区属大东门、民生路两个街道办事处辖区由南京路、自由路东划归南马路街道。
1965年8月10日，南马路街道改称南京街道。
1968年9月18日，南京街道办事处改称南京街道革命委员会。
1980年11月4日，恢复南京街道办事处。
1992年吉林市再次区划调整，南京街道办事处划归船营区管辖，沿用至今。