据《奉天通志》、《辉南厅志》记载和辉发城出土的文物证明，辉发城远在新石器时代就有劳动人民在此生息繁衍，过着狩猎生活，并开始了农耕。
清代初期，这里被封禁为盛京围场。
清光绪五年（1879）设置海龙厅时，归海龙厅的海兴社管辖。
光绪二十八年（1902）盛京围场全部开禁，逐渐形成居落，海龙厅升为府。
宣统元年（1909）海龙府划出东南8社，设立辉南直属厅，归辉南厅海兴社管辖。
1913年废厅改县，改为辉南县，本镇属之。
1919年辉南县将8个社改为8个区，归第二区管辖。
1923年（中华民国12年），辉南县将8个区改为8个社，原冠于社首的“海”字改为“辉”字，归辉兴社管辖。
1925年辉南县将8个社改为4个区，归第三区管辖。
1928年废除区制。
1936年日伪推行街村制时，在辉发城设村公所。
1945年11月，辉南县民主联合政府成立后，把全县划为8个区，为六区（辉发城区。
1956年3月，改区村制为乡镇制，由原六区的辉发城村、保安村组成辉发城乡。
1958年3月，全县乡镇调整，长春堡乡并入辉发城乡。
1958年9月，人民公社化中，由原辉发城乡、中央堡乡的12个高级社组成红星人民公社。
1961年，全县人民公社调整，红星人民公社改为辉发城人民公社，划出建立中央堡人民公社、蛟河口人民公社、庆阳人民公社，辉发城人民公社。
1962年，全县人民公社调整，辉发城人民公社。
1979年，辉发城人民公社把原光辉大队分为光明、秦家、大屯3个大队。
1982年，全县调整生产大队和生产队，辉发城人民公社。
1983年，全县对人民公社体制进行改革，改为辉发城乡。
1986年1月7日，经吉林省人民政府批准，根据辉政办发〔1986〕2号文件，撤销辉发城乡，设立辉发城镇。
2005年2月5日，全县部分乡镇行政区划调整时，撤销蛟河口乡，将其所辖行政区域并入辉发城镇。