据县志及史料记载.清人工乡境为封禁围场。
1877年设通化县时,归通化县北境养字路休养保辖。
1902年设柳河县时,仍归休养保辖。
入民国为孤山子村。
1931年九·一八事变后被伪统治，1936年8月，日寇实行集家并屯后，为归第六区辖。
1947年解放后为第五区人民政府。
1956年春改区为乡。
1958年9月成立孤山子人民公社。
1980年3月改为孤山子人民公社管理委员会。
1983年9月改社为乡。
1985年4月改乡为镇，改为孤山子镇。