1945年11月，建立磐石县民主政府，先后隶属于中共永吉地委、吉林省地方工作委员会。
1946年1月，吉林省与辽宁省合并，磐石县隶属于辽北分省；同年5月27日，中共磐石县委、县政府转移到县内的黑石区江南打游击之后，隶属于吉南地委和吉南专署；国民党成立的磐石县政府隶属国民党领导的吉林省政府。
1947年5月31日，磐石解放，磐石县政府仍隶属于吉南专署，专署撤销后隶属于吉林省政府。
新中国成立后，磐石县人民政府隶属于吉林省人民政府。
1956年2月，磐石县人民政府改称磐石县人民委员会。
1958年9月，磐石县人民委员会隶属于吉林市人民委员会。
1966年1月，磐石县隶属永吉专署。
1968年8月16日，成立磐石县革命委员会。
1969年5月，永吉专属撤销，磐石县隶属于吉林市革命委员会。
1980年10月，撤销磐石县革命委员会，成立磐石县人民政府，隶属于吉林市人民政府。
1995年10月，磐石县撤县设市，磐石县人民政府改称磐石市人民政府，由吉林省直辖，吉林市代管。