清光绪三年（1877）设县后，境内没有从教、修教、明教和文教4个保。
清宣统二年（1910），撤保改乡后，为敏树乡。
1923年设区时，为六区，辖11个村，并设有三棵榆树、鞭杆沟、甸心子3个警察分驻所。
沦陷初期沿用旧制，1939年实行村屯制时，为三棵榆树村，辖6个屯，并设有警察第六署。
1945年光复后，设有4个村。
1949年解放后，下辖5个村，属英额布区。
1956年，设三棵榆村乡。
辖3个高级农业生产合作社，仍归英额布区管辖。
1958年9月，人民公社化时，设7个管理区，归英额布分社管辖。
1959年，由英额布公社分出11个管理区，成立三棵榆树人民公社。
1961年5月，划分出富江公社后，所辖管理区改成8个生产大队。
1962年，三棵榆树公社管理11个生产大队。
1980年春，三棵榆树公社革命委员会改为人民公社管委会。
1983年4月，人民公社制改革，在三棵榆树开始建乡试点。
8月，公社改乡，大队改村。
1993年9月月30日，撤销三棵榆树乡，设立三棵榆树镇，名称一直沿用至今。