五棵树镇在清乾隆年间属吉林将军府伯都讷厅。
民国属榆树县六区五棵树保。
二十世纪三四十年代属五棵树村。
1946年，属榆树县第六自治区。
1948年，属榆树县第十三区。
1956年，分为五棵树镇和正义乡。
1959年，改五棵树公社。
1961年4月，分为前进、刘家、太平、五棵树四个公社。
1964年，分为松花江公社和五棵树镇。
1969年，松花江公社改名五棵树公社。
1983年，五棵树公社改滨江乡。
1985年，滨江乡并入五棵树镇。
2001年，前进乡并入五棵树镇。