药王庙位于化龙山右,始建不详。原在乌木桥旁,明末毁于兵燹。后又修缮。康熙十七年(1679年8月)被洪水冲毁。嘉庆二十四年(1820年)修缮。正殿保存完好,内供药王孙思邈。两边有厢房,外墙尚存,但山墙基石和灰砖风化严重。
相传安居儒学训导李含章被毒蛇咬伤。随即到药铺医治,可伤口逐渐肿胀,更加疼痛。当晚从手肿至脖子。昏睡中梦见一个身穿仙袍的人对他说:“快去采一把艾蒿,分一半熬水清洗伤口,同时喝一碗艾蒿汤。然后把另一半艾蒿捣烂敷在伤口处。”说完不见踪影。第二天早上醒来,李含章把梦中之事讲给邻居听,邻居们认为是药王菩萨显灵。李含章就按照菩萨所指去做。第三日,果然肿胀渐消、疼痛消失,不几日痊愈。为了感谢药王菩萨。决定在儒学训导署旁改建药王庙,以报药王救命之恩。