巴彦沟石器遗址有两处地点,分别位于科尔沁右翼中旗巴仁哲理木镇哈日诺尔工作部巴彦沟嘎查艾里西北1500米处和西北2000米处,两处相距500米。
2008年,全国第三次文物普查时新发现此遗址。2009年4月因建乌锡铁路,一号遗址进行过抢救性清理。除了对一号遗址点进行了发掘外,对其周边数公里进行了考古调查。
一号遗址坐北朝南,南为公路、铁路和霍林河,东西为山沟。遗址偏东侧有一条雨季大水冲沟,将遗址一分为二。遗址呈长方形,长96米,宽73米,分布面积为7008平方米。
发掘共采集石制品115件,品型分别为石核、石锤、刮削器、尖状器、石叶、蚌器、石片等,加工十分精致。釆用的原料为燧石、绿辉石、石英、黑曜石等,石材非常丰富。以锤击石片为毛坯,工具修理使用了指垫法,修理方式是劈裂面向背面加工。均属于北方小石器系统、细石器的一些特征。
二号遗址在山的缓坡上,东西为山脉,北靠山,南望通霍铁路和霍林河。
遗址呈长方形,长286米,宽194米,分布面积55484平方米。采集标本有尖状器、石条、刮削器、灰陶片等。
根据考证,发掘所发现的石制品,虽然属于地表采集,但分布面积大,石料随处可取,同时又有蚌器,在该遗址点的周围未发现任何古代陶片和其他遗物,所以依据石制品的性质分析其年代应属于旧石器时代的晚期至新石器时代早期。