民国二十七年（1938年），伪满洲国设立红旗村，乡镇级建制，属凤城县。
民国三十四年（1945年），中共凤城县委设红旗区，属孤山县。
民国三十五年（1946年），国民党军占领凤城县，改设红旗乡，乡下设保（村级建制）。
民国三十六年（1947年）6月，东北民主联军解放凤城。
民国三十八年（1949年）6月，撤销孤山县，红旗区划归凤城县。
1951年2月，十六区（红旗）、十八区（蓝旗）、五区（白旗）合并为第二区。
1958年3月，撤销红旗区（第二区），分设红旗、蓝旗、杨木3个乡。
1958年9月，撤销红旗、蓝旗、杨木3个乡，组建红旗公社。
1961年7月，原蓝旗乡、杨木乡辖地析出另行组建蓝旗、杨木公社。
1983年9月，撤销红旗公社，设立红旗乡。
1985年8月，撤销红旗乡，设立红旗镇。
2002年3月4日，撤销玉龙镇，将原玉龙镇台沟村划入红旗镇。