伪满时期，设高屯村公所，下设十六个屯，屯下设牌。
民国三十四年（1945年）冬，高屯十六个屯分别成立村政府，属榜式堡区政府。
民国三十六年（1947年）10月，撤销榜式堡区，成立高屯区。
民国三十八年（1949年）5月，全县调整行政区划，高屯和榜式堡分治；同年末，榜式堡区并入高屯区。
1950年7月，高屯区改名第五区（驻地高屯）。
1956年3月，全县并区建乡，高屯区并入团甸区，高屯境内设3乡。
1958年6月，全县撤区并乡，大胡峪乡、现家峪乡并入高屯乡；同年10月，成立盖平县公社，辖高屯大队。
1959年3月，撤销盖平县公社，高屯大队改高屯公社。
1961年5月，高屯公社东部地区析出成立榜式堡公社。
1976年，旺户屯大队的金家湾析出成立公社良种场。
1983年9月，实行乡村建制，高屯公社改高屯乡。
1984年8月，高屯乡改高屯镇。