桓仁历史悠久，6000多年前，便有人类繁衍生息。
夏、商、周、春秋诸代得以进一步开发。
西周至战国时期，今桓仁地区为东北部少数民族满族活动地区。
战国时，今桓仁地区属燕国。
秦代，今桓仁地区属辽东外缴。
汉代，今桓仁地区属玄菟郡。
西汉建昭元年（前37年），北扶余王子朱蒙在五女山建高句丽部落第一代都城。
唐代，今桓仁地区属正州。
元代，今桓仁地区属婆娑路。
明代，今桓仁地区属建州卫。
明永乐二十二年（1424年），建州女真首领李满柱率部落来到桓仁，从此桓仁成为满族先人活动区。
清光绪三年（1877年），建县，名怀仁县，隶属奉天府。
民国三年（1914年），因同山西省大同市怀仁县重名，改为桓仁县城，隶属奉天府兴京抚民厅。
民国十八年（1929年），桓仁县隶属辽宁省。
民国三十四年（1945年），桓仁县隶属安东省。
1949年，安东省与辽宁省合并为辽东省，桓仁县隶属辽东省。
1954年，辽东省、辽西省合并，成立辽宁省，桓仁县隶属辽宁省。
1956年，桓仁县隶属辽宁省安东专区。
1959年，桓仁县隶属本溪市。
1966年，桓仁县隶属丹东市。
1968年，桓仁县复隶本溪市。
1989年，经中华人民共和国国务院批准改为桓仁满族自治县，桓仁县隶属本溪市至今。