清乾隆八年（1743）属直隶省承德州塔子沟厅辖。
清乾隆四十三年（1778）属直隶省承德府建昌县（凌源镇）黑山科乡辖。
民国三年（1914）属热河特别区凌源县第三区（药王庙）辖。
民国二十年（1931）属热河省凌南县第三区（药王庙）辖。
1933年属凌南县第三保（药王庙）辖。
伪康德四年（1937）凌源、凌南两县合并，复名建昌县，属黑山科村辖。
伪康德七年（1940）建昌县与喀喇沁左旗合并，属喀喇沁左旗辖。
1945年属热河省建东县黑山科区辖，同年，撤销建东县，归建昌县辖。
1949年属建昌县第九区（黑山科）辖。
1956年并区划乡，由原来的区村制改为区乡制辖。
1958年撤区并乡，实现了人民公社化，实行了政社合一的管理体制，成立黑山科人民公社。
1984年撤销人民公社成立黑山科乡至今。