今普兰店区境在战国时期属燕国辽东郡。
西汉时期（公元前107年），定治于沓氏县（在今铁西办事处）建立。
东汉时期（公元190年），该地区属新置的平州辽东郡。
三国、西晋时期（公元238～274年），区境仍属辽东郡。
[28]西晋末年（公元404年），区境被高句丽割据。
唐代（公元668年），区境为安东都护府所辖。
辽神册四年（公元919年），置扶州、苏州，区境分属二州。
金末分属复州、金州。
元代分属金、复州万户府。
明代时，区境分属金州卫、复州卫。
清代时，区境分属复州、宁海县（1843年后改为金州厅）。
1898年3月，沙俄强迫清政府签订《旅大租地条约》，同年5月签订《续订旅大租地条约》占据旅大。
1899年8月，沙皇敕令实行“关东州”官制，设貔子窝（今皮口街道，下同）等4市5区。
1905年，俄日签订《朴茨茅斯和约》，沙俄将其旅大租借权转让给日本。
日军占领金州，置金州军政署，下设貔子窝、普兰店、亮甲店等5个管区。
1908年，普兰店管区改为出张所，隶属金州民政支署。
民国八年（1919年），关东都督府改为关东厅。
民国十九年（1930年），金、普民政支署升格为民政署。
民国三十年（1931年），日本帝国主义发动“九·一八”事变，侵占了东北三省，将辽宁省改为奉天省，辖复县（今瓦房店市）。
伪满洲国成立，今市境北部属伪满洲国之复县。
民国二十三年（1934年），设关东局，下设关东州厅，并实行会制，今区南部设貔子窝民政署、普兰店民政署，下设38个会。
民国二十五年（1936年），伪满洲国实行街村制，被复县辖制的有复东、田家等16个村全部和复东镇的大部、天台村的小部分。
民国三十四年（1945年）9月初，中共胶东区委根据中央指示精神，决定将日伪统治时期设置的貔子窝、普兰店民政署所辖38个会地域建置新金县。
9月25日，中国共产党领导下的新金县政府在貔子窝宣告成立。
11月17日中共新金县委成立。
1946年9月，新金县三十里堡、亮甲店、登沙河3个区划入金县（今金州区，下同）；同年又从三十里堡区分划出石河驿区，从登沙河区东北部划出14个村成立杏树屯区，亮甲店区北部13个村屯，增设华家屯区。
1947年2月5日，原隶属于新金县的长山区（现长海县）划入金县。
1958年11月，经中共辽宁省委、省政府批复，新金县政府从貔子窝镇迁到普兰店镇，县直机关从15日起正式办公。
1991年11月30日，经国务院批准，撤销新金县，设立普兰店市（县级）。
1992年2月28日，普兰店市成立大会召开。
2010年5月，大连市启动新市区管理体制，将普兰店市丰荣街道、南山街道、太平街道、铁西街道划入大连市新市区，与经辽宁省政府批准金州区三十里堡街道、石河街道，瓦房店市炮台镇、复州湾镇（后均改设街道）划归普兰店市管辖成立的普兰店湾新区（简称普湾新区），与普兰店市政府合署办公，同时挂普兰店市政府和普湾新区管委会牌子，普兰店市政府由府前路12号迁入炮台镇的普湾新区管委会。
2013年1月，经辽宁省人民政府同意，普兰店市元台镇、瓦窝镇正式划归瓦房店市管辖。
2014年6月23日，国家级新区金普新区（位于大连市中南部，包括金州区全部行政区和普兰店区部分地区总面积约2299平方公里）成立。
2015年10月13日，经国务院批准，撤销普兰店市，设立普兰店区。
2016年1月，为加快金州区城市建设，经辽宁省人民政府同意将普兰店区石河、三十里堡、炮台、复州湾四个街道划归大连市金州区管辖。
2016年1月31日普兰店区举行成立大会，撤销大连普湾新区党工委、管委会，普湾新区党工委、管委会不再与大连普兰店区人民政府合署办公，将普兰店划归金州区的石河、三十里堡、炮台、复州湾四个街道成立普湾经济区管委会在原普湾新区管委会办公楼办公承接原普湾新区管委会各大局，至此大连普湾经济区为大连市金州区四大正局级功能区之一，普兰店区政府由金州区炮台街道的普湾经济区管委会迁回府前路12号原普兰店市人民政府大楼（后迁至普兰店区世纪路西段98号）。
同时将原普兰店市各大局、政府部门、行政机构牌子正式更名大连普兰店区。
2019年12月，经大连市政府同意，太平街道和南山街道合并，撤销南山街道，合并成立新的太平街道。