巴丹吉林沙漠阿拉善右旗地处内蒙古自治区西部，位于北纬38°38′―42°02′，阿拉善右旗东经99°44′―104°38′。北与蒙古人民共和国交界，国境线长38．76公里，东接阿拉善左旗，南邻甘肃省金昌、山丹、张掖、高台、临泽、金塔诸市县，西连额济纳旗。全旗有蒙、汉、回、藏、达斡尔、鄂温克等10多个民族，是一个少数民族边境旗。
巴丹吉林镇，即内蒙古自治区阿拉善右旗政府所在地，阿拉善右旗政治、经济、文化和社会活动中心。原名额肯呼都格镇，几年来，随着改革开放和社会经济的日益发展，巴丹吉林镇已成为集工业、农业、交通、服务业为一体的新型城镇。
2011年5月24日，根据内政字[2011]143号《内蒙古自治区人民政府关于阿拉善右旗额肯呼都格镇更名为巴丹吉林镇的批复》，阿盟阿右旗旗府所在地额肯呼都格镇被批复更名为巴丹吉林镇。
废止的旧地名'额肯呼都格'系蒙古语，意为'上井子'或'第一个井'。1961年5月25日，阿右旗正式成立，党政机关驻呼和达布苏(今雅布赖盐化公司旧址);1965年9月，阿右旗将旗府所在地迁至额肯呼都格;1979年11月，额肯呼都格镇成立，旗府所在地地名由此沿用至今。'巴丹吉林'系蒙古语，'巴丹'是由巴岱(人名)演变而来，'吉林'(吉仁音译)是数词，即六十。几百年前，有一名叫巴岱的牧民居住在巴丹吉林沙漠的大沙山旁，历尽艰辛在这片沙漠中发现六十个大小不一的海子，后人为纪念他故称巴丹吉林沙漠。
巴丹吉林沙漠总面积4.92万平方公里，其中71%的面积在阿右旗境内。巴丹吉林沙漠是阿右旗最重要的旅游资源，而由于旗府所在地地名与景点名称不一致，致使独特的自然资源不能充分发挥品牌宣传作用，中心城镇游客量一直处在较低水平，在一定程度上影响了旅游业和相关产业的发展。
额肯呼都格镇被批复更名为巴丹吉林镇，将进一步体现地名的地方旅游文化特色，充分发挥巴丹吉林旅游品牌效应，打造巴丹吉林沙漠旅游名镇，促进地方旅游业品牌化发展，从而实现社会效益、经济效益、文化效益的共赢。