清顺治年间设旗。
科尔沁，为明代蒙古族部落名，意为“带弓箭的近卫军”。
阿鲁，意为“山阴”、“北”，因该部曾驻牧杭爱山之北，故名。
春秋战国、秦汉时代，先后属东胡、匈奴、乌桓、鲜卑地。
隋唐时期，为契丹游牧地。
辽代为上京道乌州。
金代，为泰州属北京路。
元代为辽王耶律留哥的封地。
明代，初为潢水兀良哈地泰宁卫领辖，明嘉靖二十五年（1546年），游牧于额尔古纳河、海拉尔河呼伦贝尔湖一带的阿鲁科尔沁部昆都伦岱青率部迁居，始名阿鲁科尔沁，意即北方弓箭手。
明嘉靖四十三年至崇祯三年（1546－1630年），隶属于“北元”察哈尔部。
于后金天聪四年（1630年）归顺后金。
后金天聪八年（明崇祯七年，1634年）分封蒙古诸藩牧地于此地，阿鲁科尔沁部设前后两旗，崇德元年并为一旗，称阿鲁科尔沁旗。
崇德四年（1639年），隶属于昭乌达盟，由热河都统节制。
民国前期，隶属热河省。
民国22年（1933年）7月，阿鲁科尔沁旗沦陷，划归伪满兴安西省。
1942年，隶属伪满兴安总省。
1945年8月15日日本侵略者战败投降，8月16日，阿鲁科尔沁旗得到解放，结束日本侵略者12年残酷统治。
1945年10月，阿鲁科尔沁旗人民政府成立，隶属热河省。
1946年6月10日，中共阿鲁科尔沁旗委员会成立。
1949年5月20日，阿鲁科尔沁旗划归内蒙古自治区。
1969年8月1日，随昭乌达盟划归辽宁省。
1979年7月1日，划归内蒙古自治区。