根河所在区域最初见诸史籍的民族为东胡。
战国末期，东胡与匈奴同时兴起。
西汉初期，东胡被匈奴冒顿单于击败，部众逃散，其中主要的两支分别逃至乌桓山和鲜卑山，从此便以乌桓族和鲜卑族出现于史册。
三国两晋时期，大兴安岭东西皆为鲜卑人的辖区和势力范围。
南北朝时期，大兴安岭以东分布着乌洛侯等室韦诸部。
隋朝时期，根河所在区域为室韦民族领地。
在边远地区设立羁縻府、州予以管理。
唐朝时期，在室韦地区设室韦都督府，并任命少数民族部落首领为都督。
今嫩江流域及大兴安岭内外均纳入唐朝版图。
大兴安岭以西地区曾先后被突厥人和回纥人占领过，为突厥汗国和回纥东部边地。
五代十国时期，岭西地区逐渐成为乌古敌烈及塔塔儿人的驻地，大兴安岭岭东地区成为契丹人的势力范围。
辽朝时期，疆域东到日本海，西至阿尔泰山，北到额尔古纳河、大兴安岭一带，南到河北省南部的白沟河。
大兴安岭岭东地区归上京道东北路招讨司管辖，大兴安岭岭西归乌古敌烈统军司管辖。
金朝时期，大兴安岭岭东地区归蒲与路管辖，大兴安岭岭西地区归东北路招讨司所辖。
蒙古太祖九年，成吉思汗统一蒙古草原后，大兴安岭岭西为其大弟弟拙赤·哈萨尔和二弟合赤温·额勒赤、三弟贴木哥·斡赤斤及德薛禅家族的封地；大兴安岭岭东地区后来也逐渐成为贴木哥·斡赤斤的封地。
今黑山头镇古城遗址即拙赤·哈萨尔故都。
元朝初期，呼伦贝尔地区仍为诸王封地。
元至元二十八年（1291年），乃颜、哈丹叛乱平定后，诸王封地纳入行省，大兴安岭岭东地区划入中书行省泰宁路、辽阳行省山北辽东路和黑水府达达路，大兴安岭岭西地区划入岭北行省和林路。
明朝初期，北元（蒙古汗国）退守蒙古草原，并以察哈尔部为宗主部继续统治蒙古草原，呼伦贝尔为北元东境。
明正统四年（1439年），大兴安岭东麓为阿鲁科尔沁部牧地，四子、乌拉特、茂明安三部牧地在大兴安岭以西直至尼布楚的广阔草原上。
十五世纪初，明王朝在边境地区设置都司、卫所进行控制。
呼伦贝尔地区由奴尔干都司下设的一些卫所管辖。
岭东由布尔哈卫、阿伦卫等管辖，岭西由斡难河卫、坚河卫、哈刺孩卫及海刺儿千户所管辖，根河地区为坚河卫管辖。
明崇祯三年（1630年）至明崇祯六年（1633年），居住在呼伦贝尔地区的阿鲁科尔沁、乌拉特、四子、茂明安部先后归服后金。
后金天聪九年（1635年）前后，按照后金政权的指令，生活在大兴安岭岭西地区的乌拉特、四子、茂明安三部陆续向西南迁移至乌兰察布草原，阿鲁科尔沁部前往赤峰市。
清顺治年间，沙俄军队入侵中国黑龙江流域的广大地区，世代居住在那里的达斡尔、鄂温克、鄂伦春等族人民被迫迁至黑龙江南岸的嫩江流域居住。
为了加强管理，清王朝将达斡尔人编为3个“扎兰”，将鄂温克人编为5个“阿巴”，直属清中央政府藩院。
清康熙二十八年（1689年），清王朝在嫩江西岸宜卧奇后屯设立布特哈总管衙门，设副都统总管。
《中俄尼布楚议界条约》签订，确定额尔古纳河东岸属中国，西岸属俄国。
清雍正五年（1727年），沿额尔古纳河设置18座卡伦，管理边务和内政，并设呼伦贝尔副都统府。
清光绪三十四年（1908年），设吉拉林设治局，管理境内行政、边务事宜。
民国九年（1920年），设室韦县和奇乾设治局。
民国十年（1921年），奇乾设治局改奇乾县。
民国十九年（1930年），室韦县府由吉拉林迁至河坞（今苏沁乡）。
民国二十一年（1932年）12月，伪满洲国民政部将室韦、奇乾二县划归伪兴安北省管辖。
民国二十二年（1933年）1月1日，伪满洲国取消室韦县和奇乾县，改为办事处。
同年7月12日，将原室韦县境划为额尔古纳左翼旗（称东额旗），旗公署设于奈勒穆图（今三河镇）；将原奇乾县境划为额尔古纳右翼旗，旗公署设于吉儒穆图（今奇乾乡）。
民国三十四年（1945年）8月9日，伪满政权垮台。
同年8月10日，苏联红军进驻三河街并成立了维持会。
民国三十五年（1946年），经呼伦贝尔自治政府批准，成立了额尔古纳左翼旗公署和额尔古纳右翼旗公署。
民国三十六年（1947年）11月，中国共产党派呼伦贝尔工作团进驻三河街。
民国三十七年（1948年）2月16日，经内蒙古自治区人民政府批准，将额尔古纳左、右翼两旗合并为额尔古纳旗。
旗政府设在三河街（今额尔古纳市三河镇）。
1961年8月，额尔古纳旗政府迁至根河镇，接收了原喜桂图旗代管的根河、好里堡、得耳布尔、金河、牛耳河5个镇和阿龙山、满归2个地区。
1966年4月1日，国务院批准撤销额尔古纳旗，设额尔古纳右旗和额尔古纳左旗。
额尔古纳左旗政府设在根河镇。
1969年8月1日，额尔古纳左旗随同呼伦贝尔盟划入黑龙江省。
1979年7月1日，额尔古纳左旗又划归内蒙古自治区。
1994年4月28日，国务院批准撤销额尔古纳左旗，设立根河市（县级）。