在远古时期，古人类——扎赉诺尔人就在呼伦湖一带繁衍生息，创造了呼伦贝尔的原始文化。
秦二世胡亥元年（前209年），匈奴族征服东胡族，统一了北方草原，呼伦贝尔地区属其三部领地之一的左贤王庭辖地。
一世纪，活动在鄂伦春旗一带的拓跋鲜卑族“南迁大泽”（即呼伦湖），取代了匈奴的统治，建立了鲜卑部落联盟。
由此入主中原，建立了北魏王朝。
这是中国历史上第一个少数民族政权。
在鲜卑人的余部室韦部落和回纥、突厥、黠戛斯以及辽代的契ぁ⒔鸫呐孀逑嗉陶髡胶屯持魏袈妆炊保晒胖畈吭诤袈妆炊娜恍似稹０耸兰停钤诙疃拍珊佣兜某杉己沟南茸婷韶Ｊ椅げ壳ㄒ浦廖幽押印⒖寺陈缀印⑼晾拥姆⒃吹乜咸厣角�12世纪，当成吉思汗登上政治舞台统一蒙古草原时，又返回呼伦贝尔，在这里进行了几次大的决定性战役，消灭了政敌，打破了长期几个大部落势力均衡的局面，最后统一了蒙古高原。
从此，北方草原上形成了一个具有语言、地域和文化共同性、在经济生活中有许多共同特点的民族——蒙古族。
蒙古帝国建立后，实行“领户分封制”。
蒙古太祖九年（1214年），成吉思汗将呼伦贝尔草原的大部分地区分封给他的大弟拙赤·哈撒尔（额尔古纳市黑山头古城便是他的故都），其余部分分封给他的二弟合赤温·额勒赤及外戚德薛禅家族，岭东地区分封给他的幼弟帖木歌·斡赤斤。
元朝建立后，创立行省制。
元至元二十五年（1288年），诸王封地纳入行省，岭西地区划入岭北行省和林路管辖，岭东划入中书省泰宁路和辽阳行省山北辽东路管辖。
元亡后，成吉思汗的子孙们退守蒙古草原，先后游牧于呼伦贝尔草原的是元顺帝的后裔和成吉思汗二弟拙赤合撒儿的后裔，直至归附后金。
明成祖永乐元年至宣德八年（1403～1433年），明王朝先后设置坚河卫（今额尔古纳市和根河市）、海剌儿千户所（今海拉尔区、鄂温克族自治旗）、呕罕河卫（今倭肯河流域）、哈拉哈所（今哈拉哈河一带）、只儿蛮卫（海拉尔河流域）、阿伦卫（今阿荣旗境）、阮里河卫（今扎兰屯市境）、哈剌孩卫（今新巴尔虎左旗境）。
以上卫所辖区相当今呼伦贝尔大部地区。
均隶属奴儿干都司。
[79]清朝建立后归黑龙江将军节制。
由鄂温克、达斡尔、巴尔虎蒙古、鄂伦春人组成的布特哈八旗兵、索伦八旗兵和巴尔虎八旗兵，旅蜕普剑蚴刈疟呓烙扯砣肭郑Ｕ湘湔境┩ǎけ呓材龀隽斯毕住Ｃ窆辏�1912年）至民国九年（1920年），岭西地区曾实行地方自治，脱离黑龙江省。
民国九年（1920年）后，重归黑龙江将军节制，仍设副都统衙门，同时设善后督办兼交涉员公署，并设呼伦、胪滨、室韦、奇乾县，形成旗、县并存和分治的局面。
岭东地区也保留西布特哈总管公署，同时设雅鲁县，布西县，直属黑龙江省。
东北沦陷时期，岭东为兴安东省，岭西为兴安北省，均直辖于伪满洲国。
民国三十四年（1945年）8月，日本投降。
10月，岭西地区建立呼伦贝尔自治省政府，在岭东地区建立纳文慕仁省。
民国三十五年（1946年）6月，纳文慕仁省改称纳文慕仁盟，受中共领导的兴安省政府领导。
10月，呼伦贝尔自治省政府改称呼伦贝尔自治政府。
民国三十六年（1947年）5月，纳文慕仁盟归属内蒙古自治政府领导。
民国三十七年（1948年）1月1日，呼伦贝尔自治政府改称呼伦贝尔盟，归属内蒙古自治区政府。
1949年4月，呼伦贝尔盟和纳文慕仁盟合并，称呼伦贝尔纳文慕仁盟，简称呼纳盟。
呼纳盟的区域与2001年成立的呼伦贝尔市的区域大致重合。
1953年4月1日，成立内蒙古自治区东部行政公署，简称东部行署，署址设在乌兰浩特。
同时撤销原哲里木、兴安、呼纳三个盟的建制，其中原呼纳盟的海拉尔、满洲里、乌兰浩特变为内蒙古自治区的直辖市，其工作委托东部行署代管。
1954年4月30日，撤销东部区行政公署，将原兴安盟和呼纳盟所辖地区合并，改称呼伦贝尔盟，成立呼伦贝尔盟人民政府，作为一级政权，直属内蒙古自治区领导。
盟政府设在海拉尔市。
1957年2月21日，呼伦贝尔盟人民政府改称呼伦贝尔盟人民委员会。
1958年6月1日，撤销呼伦贝尔盟人民委员会，改为内蒙古自治区呐沙龌梗栊姓鹩诤＠校某坪袈妆炊诵姓稹�1958年8月20日，内蒙古党委批复呼伦贝尔盟乌兰浩特市并入呼伦贝尔盟科尔沁右翼前旗，对外仍称乌兰浩特市。
1964年7月20日改为乌兰浩特（镇级），隶属呼伦贝尔盟科尔沁右翼前旗。
1965年8月，呼伦贝尔盟科尔沁右翼中旗划归哲里木盟（后撤盟改设通辽市）。
1967年12月20日，建呼伦贝尔盟革命委员会，为临时权利机构，行使原呼盟行政公署职权。
1969年7月5日，中共中央、国务院决定，将内蒙古自治区呼伦贝尔盟划归黑龙江省，但呼伦贝尔盟的突泉县、科尔沁右翼前旗划归吉林省白城地区管辖。
黑龙江省呼伦贝尔盟辖2市、12旗。
1970年4月，将黑龙江省呼伦贝尔盟的鄂伦春自治旗和莫力达瓦达斡尔族自治旗划归大兴安岭地区管辖。
1979年5月30日，中共中央、国务院决定，恢复内蒙古自治区1969年7月的原行政区划，将时黑龙江省呼伦贝尔盟、大兴安岭地区的鄂伦春自治旗和莫力达瓦达斡尔族自治旗、吉林省白城地区的突泉县、科尔沁右翼前旗从7月1日起正式变更为内蒙古自治区呼伦贝尔盟。
1980年7月，恢复兴安盟建制：科尔沁右翼前旗分出乌兰浩特市，呼伦贝尔盟的科尔沁右翼前旗、扎赉特旗、突泉县、乌兰浩特市和哲里木盟的科尔沁右翼中旗划归兴安盟。
同年，呼伦贝尔盟革命委员会撤销，成立呼伦贝尔盟行政公署直至2001年撤盟设市。
2001年10月10日，撤销呼伦贝尔盟设立地级呼伦贝尔市，撤销县级海拉尔市设立海拉尔区。
2013年3月6日，满洲里市扎赉诺尔矿区以呼伦贝尔市扎赉诺尔区备案，由满洲里市代管。
2023年3月，内蒙古自治区第十一届党委常委会会议决定，扎赉诺尔区由呼伦贝尔市直接管理。