清雍正十二年（1734年），设萨拉齐笔帖式。
道咸年间，设萨拉齐城关，隶萨拉齐通判厅。
同治四年（1865年），升为同知厅。
民国元年（1912年），改为萨拉齐县。
1950年11月至1952年11月，萨拉齐为萨县专员公署驻地。
1954年春，结束蒙汉分治，将土默特旗6区并入萨拉齐县。
1958年5月，又将萨拉齐县并入土默特旗，萨拉齐镇为旗政府驻地。
10月，成立萨拉齐太阳人民公社。
1959年4月，改称萨拉齐镇人民公社。
1969年，土默特旗分设土默特右旗、土默特左旗，萨拉齐镇为土默特右旗驻地至今。
1973年，萨拉齐镇人民公社分为萨拉齐镇人民公社和萨拉齐人民公社。
1986年，萨拉齐乡并入萨拉齐镇。
2006年2月，吴坝乡并入萨拉齐镇。