1700年，汉族搬迁至今天的多伦淖尔县、围场满族蒙古族自治县开荒种地，当地蒙古族的草牧场日渐缩小，因此集体往北搬迁至浑善达克沙漠腹地。
1949年3月，正蓝旗成立第一、第二、第三联合苏木的时候，那日图苏木基本上属于第二联合苏木；1950年，属于第二苏木；1954年，改变数字命名，以地域名称命名的时候属于高格斯台高勒苏木；1956年，把高格斯台高勒苏木划分给扎格斯台苏木与杭哈拉敖包苏木，并把扎格斯台苏木更名为那日图苏木、把杭哈拉敖包苏木更名为杭哈拉苏木；1958年11月，完成人民公社化，更名为那日图人民公社；1961年，扎格斯台公社从那日图公社分离，并成立了扎格斯台淖尔人民公社；1984年，农村牧区体制改革时那日图人民公社更名为那日图苏木，各生产队更名为巴嘎，1987年有更名为嘎查；2006年，正蓝旗实行《撤乡并镇》体制改革时，那日图苏木、扎格斯台苏木、乌日图塔拉苏木合并，命名为那日图苏木；2012年扎格斯台苏木分离那日图苏木，成立了扎格斯台苏木。