西夏，设没烟后峡（今郑旗乡撒台村）。
北宋，改为荡羌寨，隶属西安州，后改隶怀德军（治今原州区三营镇黄铎堡村古城）。
金时，属镇戎州（治今固原市）。
元时，先后属巩昌府路镇原州（治今甘肃镇原）和开城府路开城县。
明时，设郑旗营，隶属西安州守御千户所。
清时，设郑旗堡，先后隶属平凉府盐茶厅（治今宁夏海原）和固原直隶州海城县。
民国时，海原县设正气镇。
民国三十八年（1949年）8月，境内设郑旗、西沿乡，隶属于李旺区。
1952年10月，增设郑旗区（第七区），辖郑旗、撒台、吴湾、西沿、杨湾、双河、王塘、贾塘8个乡；同年8月，改辖郑旗、撒台、吴湾、徐坪、马营、曹洼6个乡。
1958年10月，撤销区乡建制，境内设立郑旗、西沿公社。
1959年5月，西沿公社撤销，并入郑旗公社。
1984年1月，由郑旗公社改为郑旗乡。