民国时期，属灵武四区管辖。
民国二十七年（1938年），全境设8个保，36个甲。
民国三十二年（1943年），8个保合并为4个保。
民国三十八年（1949年）9月，吴忠解放。
1950年，由灵武县划出归吴忠市管辖；同时成立区人民政府，境内4个保依次改为一、二、三、四乡。
1952年，4乡合并为2乡，同时以传统地名为据，将原一、二、三乡分别易名为东塔寺乡、四旗粮乡和石佛寺乡。
1955年，3个乡先后成立了23个初级农业合作社；同年，将原3个乡合并为一个东塔寺乡。
1962年5月，改为东塔人民公社。
1984年，复为东塔寺乡。
2003年5月，区划调整，原东塔寺乡8个村和灵武市新华桥2个行政村合并为东塔寺乡。