明洪武初年，隶属隆德县弼隆里。
明嘉靖三十八年（1559年），隶属隆德县仁隆里。
清朝初年，隶属隆德县仁隆里。
民国初年，设神林堡。
民国十七年（1928年），神林堡隶属第二区。
民国三十年（1941年），设神林乡。
中华人民共和国成立后，神林乡改为神林区。
1953年2月，隶属神林区。
1955年10月，撤神林区设神林乡，隶属沙塘区。
1958年10月，隶属先锋人民公社，后分别隶属联财、凤岭、张程3个公社。
1963年，成立神林人民公社。
1984年2月，复置神林乡。