1990年10月，宁夏南部山区西吉、海原两县的1000多户百姓，搬迁到首府银川市近郊的永宁县境内，建立玉泉营、玉海经济开发区，这是闽宁的前身，他们也是闽宁镇的第一代移民。
1997年，在宁夏回族自治区永宁县西部一个叫玉泉营的地方，茫茫戈壁、连绵沙丘。
同年4月，时任福建省委副书记、福建省对口帮扶宁夏领导小组组长习近平带队来到宁夏考察，闽宁两省区负责同志共同商定，要在这里组织实施闽宁对口扶贫协作，建设一个移民示范区，这个地方被命名为“闽宁村”。
2002年2月，以原永宁县闽宁经济开发区设立闽宁镇。
2003年7月，玉海经济开发区并入，闽宁镇正式成立。