果洛古称俄洛、郭罗克。
古为党项羌地，唐置轨州(今果洛南部地区)、又置山居、奉、岩、远等州，后属吐蕃辖地，宋属吐蕃政权，元属吐蕃等路宣慰司，明属朵甘思宣慰司，17世纪初至雍正初年属和硕特蒙古政权，清隶成龙义道松潘漳腊营，1929年归青海省直辖，曾置果洛行政督察区、青海省第三行政督察区，至1946年撤销既设机构，果洛藏族诸部仍由部落头人管理，有大小部落200余个，均由世袭的千百户头人分别统治。
1950年设果洛区，为青海省直属区。
1952年6月，西北军政委员会组建果洛工作团。
同年8月4日，工作团进驻果洛吉迈。
1954年1月1日果洛区改设果洛藏族自治区(相当于专区级)，自治区人民政府驻查郎寺。
同年12月设甘德县；果洛藏族自治区辖1县。
1955年7月2日，果洛藏族自治区改设果洛藏族自治州，州人民委员会驻达日县吉迈，辖甘德、久治(驻智清松多)、班玛(驻赛来唐)、达日(驻达日)4县(久治、班玛、达日3县均为1955年新设县)。
1957年由甘德县部分地区设玛多县，驻黄河沿；由达日、甘德2县部分地区合并设玛沁县，驻中心站(依盖齐)；果洛藏族自治州辖6县。
1958年果洛藏族自治州人民委员会驻甘德县麦仓。
1959年自治州人民委员会迁驻玛沁县；将玛多县划归海南藏族自治州；原属海南藏族自治州的同德县划入果洛藏族自治州；达日县迁驻吉迈；玛沁县由依盖齐迁驻大武。
1962年将同德县划归海南藏族自治州，玛多县(驻黄河沿)由海南藏族自治州划回果洛藏族自治州；果洛藏族自治州辖玛沁(驻大武)、甘德(驻吾勤)、久治(驻智青松多)、班玛(驻赛来唐)、达日(驻吉迈)、玛多(驻黄河沿)等6县。
1974年玛多县由黄河沿岸迁驻玛查里；果洛藏族自治州辖玛沁(驻大武)、甘德(驻吾勤)、久治(驻智清松多)、班玛(驻赛来唐)、达日(驻吉迈)、玛多(驻玛查里)等6县。
1999年，辖玛沁、玛多、甘德、达日、班玛和久治6县，51个乡(镇)，183个牧委会。
2001年3月5日青海省人民政府青政函[2001]14号文批复：①撤销玛沁县拉加、军功2乡，合并设立拉加镇；撤销当项乡，并入当洛乡。
②撤销玛多县清水、花石峡、黑海3乡，合并设立花石峡镇(镇政府驻地设在原花石峡乡)。
③撤销甘德县东吉、柯曲2乡，合并设立柯曲镇。
④撤销达日县吉迈乡，设立吉迈镇；德昂乡政府驻地迁至查干沟口。
⑤撤销班玛县莫坝乡，设立并命名为赛来塘镇(政府驻地不变)；撤销班前乡，并入灯塔乡。
⑥撤销久治县康赛乡，设立并命名为智青松多镇(政府驻地不变)。
2006年8月，果洛州；新增1个镇，乡镇总数由45个(7镇38乡)调整为44个(8镇36乡)。
玛沁县：撤销昌麻河乡，并入优云乡。
玛多县：撤销黑河乡，设立玛查里镇(镇政府迁驻玛查里)，命名后沿用至今。