元朝、明朝时期，由撒拉族土司管辖。
清朝时期，为查汗大寺工属地，由撒拉族下四工世袭千户管辖。
民国二十五年（1936年），属第一区查汗大寺，苏只乡。
1952年7月27日，归第四区。
1955年8月10日，属街子辖区。
1956年8月21日，撤区，仍设苏只乡。
1958年7月，为团结乡，同年9月1日，合并成立红旗公社。
1961年7月1日，红旗公社撤销，成立查汗大寺公社。
1966年10月3日，改为红旗公社。
1984年6月，社改乡，更名为查汗都斯乡。