夏代，今境有莘国、亳邑和贯国。
商代商汤建都于亳（今曹县城南）。
春秋时，今县北部属曹国，南部属宋国。
战国时，东南为己氏邑，东为安阳邑，西部有戎国。
秦，己氏邑仍旧，属砀郡。
汉，县境西部为薄县地，属兖州山阳郡，东北为成武县地；西北为定陶、冤句县地，属济阴郡；东南为豫州梁国己氏县。
东汉建初四年（79），薄县划归梁国，己氏属济阴郡。
三国，魏废薄县，入蒙县。
晋朝沿袭魏。
南北朝，属北魏。
孝明帝孝昌三年（527）置西兖州于济阴郡，先治定陶，后迁左城，统济阴、沛二郡。
己氏县属之。
北齐，废北谯郡、沛郡及安阳、己氏二县。
北周，改西兖州为曹州。
隋开皇四年（584）复置己氏，六年改名楚丘。
楚丘于开皇十六年（596）属宋州，大业二年（606）改属梁郡。
开皇六年（586）置济阴县为济阴郡附郭。
唐代，今县西北和北部仍为冤句县、济阴县，属河南道济阴郡，东南为楚丘县，属河南道宋州睢阳郡。
五代，后梁，济阴县仍为曹州附郭，冤句属曹州。
唐昭宗光化二年（899），楚丘属辉州。
后唐同光二年（924）改辉州为单州，楚丘随属。
后梁还隶宋州，属宣武军。
后唐，济阴县仍旧，楚丘县改属归德军。
宋元祐元年（1086）冤句改宛亭县。
曹州改为兴仁府，济阴、宛亭二县属之。
楚丘县初属归德军，又属拱州，后属应天府。
金，楚丘县初隶曹州，天德元年（1149）属归德府，大定八年（1168年），因河决徙城于乘氏故城。
兴定元年（1217）因隔河不便，改属单州。
济阴县，元，今县北属济阴县，东南属楚丘县，并隶曹州。
明洪武元年（1368），济阴县并入曹州，因河患移州治于安陵；二年，再迁于磐石镇，将楚丘县并入。
洪武四年（1371），改曹州为曹县（始得县名），属济宁府。
洪武十八年（1385），济宁府改为州，曹县随州改属兖州府。
正统十年（1445），于乘氏复置曹州，属兖州府，曹县属之。
清雍正十三年（1735），曹州升为府，属兖沂曹济道，曹县属之。
1914年，山东省设4道，曹县属济宁道。
1925年，山东省改为11道，曹县属曹濮道。
1928年，废道，县直属省。
1929年，属山东省第二区行政督察专员公署。
1938年，将第二专署分为第十、第十一、第十二专员公署，曹县属第十一专署。
1938年11月，日军侵占县城，国民党县公署流徙于乡间。
1939年10月5日，日伪于城内设县公署，隶属曹州道尹公署。
中国共产党于1938年在曹县、东明、考城结合部建考城抗日县政府，旋于次年3月撤销。
1940年8月，在县西北刘岗一带建立曹县抗日县政府，同时设曹东南办事处（1941年7月撤销）。
此后自1941年5月至1943年8月，专署名称多次变更，曹县曾隶属冀鲁豫三专署、七专署，晋冀鲁豫边区第二十二行政督察专员公署、第二十专署。
1943年8月，为纪念第二十二专署已故专员刘齐滨，将曹县抗日县政府改为齐滨抗日县政府，并在曹县东南青堌集建立曹县抗日县政府，在曹县、成武结合部建立成曹抗日县政府。
齐滨、曹县、成曹3县均属晋冀鲁豫边区第二十专署。
1944年8月，二十专署改称晋冀鲁豫边区冀鲁豫第十行政督察专员公署，3县随属。
1945年5月，在曹县东南与河南省虞城县结合处建立虞城抗日县政府，12月撤；同年9月撤销曹县、成曹县，在青堌集一带建立复程抗日县政府。
齐滨、复程2县均属冀鲁豫第十专署。
1945年9月18日，解放军克复曹县城，在城内又建曹县抗日县政府，仍属冀鲁豫十专署。
1946年2月，冀鲁豫十专署改为晋冀鲁豫边区第五行政督察专员公署，以上3县随属。
1949年8月，建平原省及菏泽专区，曹县民主县政府属之，将齐滨县并入。
复程民主县政府属湖西专区。
1952年11月30日，撤销平原省，曹县随菏泽专区、复程随湖西专区改属山东省。
1953年8月撤销湖西专区，将复程县划归菏泽专区。
1956年3月撤销复程县，并入曹县、单县。
1958年10月撤销菏泽专区，曹县属济宁专区。
1959年9月曹县复属菏泽专区（1967年改称菏泽地区）。
2000年6月撤销菏泽地区，设立地级菏泽市，曹县属之。