昌邑县公元前721年（鲁隐公二年）为莒国密邑及纪国地。
公元前693年（鲁庄公元年），并入齐国，春秋齐景公时，为邶殿邑。
战国时，为齐国都昌邑。
至隋朝，均称都昌。
公元627年（唐贞观元年），废都昌，入北海县。
公元962年（宋建隆三年）复置都昌，改称昌邑。
明洪武二十二年（1390年），昌邑县置乡社制，辖四隅四乡八十九社，四隅皆在城廓，四乡均在城外。
石埠镇分属崇德乡的辛兴社、宋庄社和仁义乡的丰台社、宿台社及金台社。
民国十七年（1928年），昌邑县废乡社制，实行区乡（镇）制，以数字为序改划为10个区，辖112个乡镇。
石埠镇境属第六区辖，设有石埠镇、柳杭镇、金台镇、晴埠乡、葛庄乡、薛庄乡、仙台乡。
1959年属昌南县第三区，1955年改称石埠区。
1956年昌南县并入昌邑县，划为青山区。
1958年2月为石埠乡，同年9月石埠、流河两乡合并，成立石埠人民公社。
1964年2月又分设石埠、流河两个公社。
1983年5月改为石埠乡。
1984年3月设置石埠镇。
2001年3月流河乡并入石埠镇，2007年8月并入饮马镇，2010年1月从饮马镇分开成立石埠经济发展区。