汉置东阿县，属东郡。
三国时期为魏地，隶属同汉。
西晋属济北国，东晋改国为郡，东阿属之。
南北朝时期，因南北分裂，政权迭易，457年，东阿并入谷城县。
后魏，恢复东阿县；北齐省谷城，入东阿，属济州。
隋朝，东阿属兖州济北郡。
唐武德四年（621），属济州，隶河南道；天宝元年（742），更州为郡，隶济阳郡，同年恢复谷城县；天宝十三年（754），改属郓州东平郡；大历元年（766），郓州改为淄青道，东阿属之；元和十四年（819）郓州属天平郡，东阿随之改隶。
五代十国时期，东阿属郓州天平节度使。
宋初，属京东路；庆历元年（1041），置西路安抚使，东阿随郡改隶；雍正十三年（1735），改属泰安府。
1914年东阿隶山东东临道；1928年，废道直隶山东省府；1937年1月属山东省第一行政督察区。
1940年，东阿县抗日民主政府建立后，初属鲁西北行政委员会（专区级）；同年4月属鲁西行政区运东专区（同年11月改为鲁西第四专区）。
1941年7月属冀鲁豫第四(运东)专区（9月改称晋冀鲁豫边区第十九专区）。
1943年初属晋冀鲁豫边区第十六（泰运）专区。
1946年11月，东阿县属冀鲁豫第六（运东）专区。
1949年8月，东阿属平原省平原省聊城专区。
1952年11月，平原省撤销，东阿随聊城专区改属山东省。
1958年12月，东阿建制撤销，各公社分别并入寿张、茌平县；1961年10月，恢复东阿县，其隶属未变。
1967年，专区改为地区，东阿属聊城地区。
1997年8月，属山东省聊城市至今。