金代以前，三庄境内的行政区划，无史料可考。
元代设巡检司，明、清代属观兰乡，民国元年设立三庄区，建国后因之。
1958年1月撤区，建三庄乡。
同年8月成立幸福人民公社。
1963年恢复三庄区，辖8处公社。
1971年3月分为三庄、竖旗山两个人民公社。
1985年，改三庄人民公社为三庄镇，辖36个行政村；改竖旗山人民公社为竖旗山乡，辖26个行政村。
1992年12月7日国务院批准建立县级行政区，同时建立东港区三庄镇人民政府，辖36个行政村，4.4万人。
2000年12月将原竖旗山乡划为三庄镇，至此三庄镇辖62个行政村。