清朝末年为费县接舆、东柳、马山三个社所辖。
1945年，为费县二区。
1947年，西部为费县崮口区（九区）。
1948年10月，东部为费县马庄区（二区），将东单、九庄划属临沂县，同时将临沂县的沂艾庄、许家庄、刘庄、西单和万家庄、墩西庄的半个庄划属费县马庄区。
1956年，九区撤销时将尚庄、宋庄、莲花、崮口四个乡划归二区。
1958年春，撤区改为刘庄、马庄、尚庄三个乡，同年秋，成立三个公社，同年冬,合并为马庄公社，紧接着改为马庄区。
1971年6月，又改为马庄人民公社。
1976年3月，将城子、刘庄两个管理区的24个大队划属新置的刘庄公社，同年新庄公社的陈家围子大队划属该社，将小安子大队划属新庄公社。
1985年9月，改为马庄镇。
2011年8月，撤芍药山乡，整体并入马庄镇，境域始成现状。