自唐以来属莱州府昌阳县，明洪武二年（1369），改称登州府莱阳县芝山乡；1930年改新区制，南墅镇属第七区：1935年废区，改称南墅乡校，1941年莱东县析出，南墅镇唐家村以北划为第九区，称萌山区，以南划为第八区，称院上区，1952年两区合并，称一区，即南墅区，又称萌山区，区治在南墅。
1958年春撤萌山区，建南墅乡和河里吴家乡两处，1958年9月实行“政社合一”体制，两乡分称为南墅人民公社和河里吴家人民公社，1959年7月再次合并，称南墅人民公社。
1962年南墅人民公社析出10个自然村与马连庄析出的39个自然村合并成立了唐家庄人民公社，1972年11月，河里吴家人民公社复由南墅人民公社析出，1984年4月，撤销“政社合一”体制。
两人民公社分别改称南墅镇和河里吴家乡，2001年1月区划调整，原唐家庄镇西部的17个自然村与南墅镇，河里吴家乡合并，为南墅镇。