五井镇明清两代皆属青州府。
1940年临朐县抗日民主政府在茹家庄成立，境内设五井区，辖一镇八乡。
1944年12月五井区解放，境内原嵩右区划归益都县，北部大楼、杨家窝、泉水崖等6村划归益都方山区。
1945年嵩右区划回临朐县。
1949年前后，属临朐县嵩右区、第五区、五井区。
1956年，境内属五井区。
1958年2月撤区并乡，分属五井、嵩山两乡，同年9月设立五井人民公社。
1976年4月，由五井公社划出朱家坡等28个大队成立嵩山公社。
1984年社改乡（镇）设五井镇、嵩山乡。
2001年2月由五井镇、嵩山乡合并为五井镇。