殷商时属邓国都。
春秋时属鲁国的曲池。
隋朝时为汶阳县城，后为历代基层政权的所在地。
明中叶至清，境域为成功社和义田社。
1930年去社改为区乡制，此地与吴村为二区，境内有董家庄、衡庙、崄河、石门、董大城、北极、夏庄、石泉庄8个乡。
1938年，实行区乡保甲制，仍属二区，境内有董家庄、衡庙、崄河、石门4个乡、48个保、520个甲。
1946年属吴村区。
1947年为建国乡、石门乡。
1948年属吴村区。
1949年8月，将吴村区东南部划出，设立董庄区，下设衡庙、董家庄、四洼、管村、黄家庄、夏庄、大庙、西庄、梨园、歇马亭10个乡。
1950年8月，董庄区改为第十区，10个小乡改建为10个高级农业社，设董家庄、林程店、歇马亭3个乡。
1955年5月又改为董庄区。
1956年3月撤销董庄区，划归王庄区，林程店乡、歇马亭乡划归吴村区。
1958年9月，在原董庄区的辖域成立董家庄（卫星）人民公社。
1965年8月至1966年5月，人民公社体制调整，原董家庄人民公社改称董庄区。
辖董庄、歇马亭、林程店、梨园、屈家村、河东、大庙7个人民公社。
1969年董庄区改为董家庄人民公社。
1984年5月，董庄人民公社撤销改设董庄区。
辖董庄、管村、大庙、歇马亭4个乡。
1986年6月，撤县建市，董庄区撤销，区辖的4个乡合并，设立董庄乡。
2011年9月，经山东省人民政府（鲁政函〔2011〕48号）批准，将董庄乡更名为石门山镇至今。
2020年行政村建制优化后辖26个村委会。