建国前，镇内村庄除屯里、大胡村东西大街以北属曲阜外，其余皆归属邹县管辖。
南部村庄属土旺社，北部属大胡社，东部属鲁源社。
民国时期为邹县二区。
1945年12月划归曲阜第五区。
1946年4月，曲泗县第五区公所改称曲阜县第五区公所，机关驻南辛村。
1948年7月，邹县南辛区划归曲阜县。
1949年为南辛区，下设13个乡。
1950年8月，南辛区委改称第五区委。
1955年5月又改为南辛区委。
区委驻南辛村。
1956年8月，南辛区下设南辛、魏庄、夏宋、息陬4个乡。
1958年9月成立南辛人民公社。
原南辛区及所辖的南辛、魏庄乡撤销。
1965年8月，人民公社体制调整，原南辛人民公社改称南辛区。
下设南辛、余村、鲁源、曼山、魏庄5个公社。
1968年，区改为公社，原5个公社改称生产管理区。
1970年成立尼山公社，1984年5月公社改区，南辛区辖南辛镇、尼山乡、曼山乡。
1985年10月尼山乡从南辛区划出，列为县直属乡，辖3个管理片、19个行政村。
1986年6月撤县改市，南辛区改称镇，辖3个管理片、23个行政村。
2000年12月，乡镇规模调整，原尼山乡、原南辛镇合并组成新的南辛镇，辖南辛、曼山、余村、库西、库南、库北6个管理片，42个行政村。
2011年5月18日，经山东省人民政府（鲁政函民字〔2011〕18号文）批准，将南辛镇更名为尼山镇至今。
2020年行政村建制优化后辖29个村委会。