1965年，城关区划出25个大队、防山区划出15个大队，组建新书院区。
1966年改为东风区，1968年12月改为东风人民公社。
为保护文物古迹，1979年，区机关从洙泗书院迁至孔林东、104国道东侧，即今址。
1980年，因与嘉祥县东风人民公社重名，故复原名为书院人民公社。
1984年，社改为区。
是年，将坊上、林前、小北关、周公庙、盛果寺、古城、五泉庄、大庄划归曲阜镇。
1986年区改乡为书院乡，先后将刘官庄、胡家行、裴家庄、庞家寨、颜子店、三官庙村注销。
1997年撤书院乡设立书院镇。
2000年12月，撤销书院镇设立书院街道。
2020年6月、2021年3月行政村建制优化后辖24个村委会。